A Mútua é administrada por uma Diretoria Executiva composta por cinco membros, sendo três indicados pelo Plenário do Conselho Federal de Engenharia e Agronomia (Confea) e dois pelos Conselhos Regionais de Engenharia e Agronomia (Creas). Todos devem ser associados contribuintes da Mútua. O mandato é de três anos, podendo haver uma recondução.